Будущий отец Варлаам родился в Тульской губернии в 1872 году в семье железнодорожного служащего и при крещении был наречен Василием. Когда Василию исполнилось 23 года, он поступил в Московский Чудов монастырь, принял там монашеский постриг с именем Варлаам. Возможно, в 1909г. он был рукоположен во иеродиакона; а к 1918 г. о. Варлаам числится в списках насельников Чудова монастыря уже в сане иеромонаха.  Служил он в обители вплоть до самого ее закрытия властями.[1].

С 1918 по 1923 год иеромонах Варлаам подвизался в Высоко-Петровском монастыре. Он  был одним из тех, кто подписал прошение в Юридический отдел Московскаго Совдепа братии Московского Высоко-Петровского монастыря:

«Мы, нижеподписавшаяся братия Московскаго Высоко-Петровскаго монастыря, имеющая в нем свое местожительство, желаем взять в бессрочное и бесплатное пользование все храмы и часовни в Высоко-Петровском монастыре со всем церковным имуществом и Богослужебными предметами, в них находящимися. Зданиями храмов и часовен и находящимися в них богослужебными предметами мы обязуемся пользоваться исключительно только для удовлетворения наших религиозных потребностей. Обещаемся сохранить в целости и сохранности все церковное имущество в храмах и часовнях монастыря. Принимаем на себя также и всю ответственность к соблюдению и других обязанностей в отношении церковного имущества, которое будет сдано нам на попечение.

Братия Московского Высоко-Петровского монастыря:

1. Настоятель Архимандрит Никодим (Шатунов)[2]

2. И. дол. казначея иеромонах Виталий (Винокуров)

3. Иеромонах Митрофан (Резвецов)

4. Иеромонах Мартирий (Костин)

   Иеромонах Варлаам (Никольский)

   Иеромонах Феофан (Лютов)

   Иеродиакон Гермоген (Лисицын)

   Монах Трифон ».[3]

Ответом на это прошение явилось заключенное 12 июня 1919 г. типовое соглашение с Московским Советом Рабочих и Красноармейских Депутатов – интересный документ эпохи, в котором, в частности, говорилось: «Мы, нижеподписавшиеся… приняли от Московского Совдепа в бессрочное, безплатное пользование находящееся в Москве по Петровке ул. д. № 28 богослужебное здание, состоящее из 6-ти храмов и часовни с богослужебными предметами по особой, нами заверенной своими подписями, описи, на следующих условиях:

<…> 3. …в принятых нами в заведывание богослужебных помещениях, мы обязуемся не допускать:

а) политических собраний враждебного Советской власти направления,

б) раздачи и продажи книг, брошюр, листовок и посланий, направленных против Советской власти или ее представителей,

в) произнесения проповедей и речей, враждебных Советской власти, или ея отдельным представителям,

г) совершения набатных тревог для созыва населения в целях возбуждения его против Советской власти, в виду чего мы обязуемся подчиняться всем распоряжениям Местного Совдепа относительно распорядка пользования колокольнями».[4]
 
Среди 336 подписей клириков и прихожан Высоко-Петровского монастыря есть и подпись о. Варлаама.

В 1923 году отец Варлаам был направлен на служение в церковь Никола-Плотники, а затем переведен в церковь Спас-Пески на Арбате, где в 1929 году возведен в сан игумена. В конце 1930 года отец Варлаам был арестован и на три года сослан в Казахстан. После окончания ссылки, не имея возможности вернуться в Москву, игумен Варлаам остался в Московской области.

О себе он говорил на следствии: «Я монах, сторонник Церкви тихоновской ориентации, поэтому привык к повиновению, и поскольку такая политическая власть дана Богом, то, следовательно, я ей полностью подчиняюсь…» Находясь в общении с митрополитом Сергием (Страгородским), отец Варлаам никогда не уклонялся ни в какие церковные расколы, не шел на компромиссы со своей совестью, всегда был истинным свидетелем Христовым. Службы в храме он вел продолжительные, по уставу, служил не только по воскресеньям, но и в другие дни, когда у рабочих местной фабрики были выходные. Неизменно призывал молодых людей к тому, что брак должен быть церковным, а на вопросы школьников о происхождении человека открыто исповедовал, что человека сотворил Бог, хотя пропаганда религиозных взглядов среди молодежи была строжайшим образом запрещена.

17 ноября 1937 года тройка НКВД приговорила отца Варлаама к расстрелу. Игумен Варлаам (Никольский) был расстрелян в день памяти преподобного Варлаама Хутынского 19 ноября 1937 года на полигоне Бутово под Москвой.[5]

Причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских на архиерейском Соборе 2000 года.